Untuk tingkat Magister (S2), Institut Kristen Borneo (IKB) juga menawarkan beberapa program yang dapat menjadi pilihan bagi mereka yang ingin melanjutkan pendidikan mereka dalam konteks iman Kristen. Berikut adalah beberapa program S2 yang mungkin ditawarkan di IKB:
- Magister Teologi (S2)
- Program ini mendalami studi teologi dengan berbagai konsentrasi, seperti teologi sistematis, teologi pastoral, teologi sejarah, dan teologi praktis. Tujuannya adalah untuk mempersiapkan pemimpin gereja dan teolog Kristen.
- Magister Pendidikan Agama Kristen (S2)
- Program ini mengembangkan keterampilan dalam pendidikan agama Kristen dengan fokus pada pemahaman mendalam tentang teori dan praktik pengajaran, konseling, dan manajemen pendidikan.